Trong quần thể di tích cố đô Huế, có lẽ điện Hòn Chén gắn với nhiều giai thoại nhất. Dân gian còn lưu truyền rằng điện Hòn Chén xưa có tên là Hoàn Chén với ý nghĩa "trả lại chén ngọc", vì vua Minh Mạng trong một lần lên đây đã đánh rơi một chén ngọc xuống dòng sông Hương, tưởng không cách gì lấy lại được thì bỗng nhiên một con rùa to bằng chiếc chiếu nổi lên ngậm chén ngọc trả lại cho nhà vua. Song, trong các văn bằng sắc phong chính thức của các vua Nguyễn, thì ngôi điện vẫn xuất hiện với tên chính thức "Ngọc Trản Sơn Từ" (đền thờ ở núi Ngọc Trản). Đến thời Đồng Khánh (1886-1888), ngôi điện mới được đổi tên là Huệ Nam Điện (ý là mang lại ân huệ cho vua nước Nam) và cũng gắn với nhiều giai thoại khác nữa. Qua bao nhiêu năm tháng gắn với bao truyền thuyết, dân gian vẫn gọi điện là Điện Hòn Chén hay Điện Hoàn Chén đều đúng.

Ðiện Hòn Chén nguyên là nơi ngày xưa người Chăm thờ nữ thần PoNagar (Nữ Thần Mẹ xứ sở), sau đó người Việt theo Thiên Tiên Thánh Giáo tiếp tục thờ bà dưới xưng Thánh Mẫu Thiên Y A Na.

Tiếp nhận từ người Chăm một di tích tôn giáo độc đáo như điện Hòn Chén, người Việt dễ dàng dung hợp được cả một tín ngưỡng thần linh mang sắc thái riêng của người Chăm. Đây được xem là sự hòa nhập về tôn giáo hay còn gọi là bản địa hóa. Để ký âm cho danh từ PoNagar bằng Hán văn, các Nho sĩ ngày xưa đã phải tạo ra một âm hưởng hao hao và mang một ý nghĩa tương đương nhất định bằng bốn chữ Hán: Thiên Y A Na. 

- Tháng 3/1832, Điện Hòn Chén được vua Minh Mạng cho tu sửa và mở rộng . 

- Năm 1834, điện tiếp tục được trùng tu. 

- Từ năm 1954, Liễu Hạnh Công Chúa, tức là Vân Hương Thánh Mẫu cũng được đưa vào thờ ở đây. Ngoài ra, tại điện Hòn Chén, người ta còn thờ Phật, thờ Thánh Quan Công và hơn 100 vị thần thánh khác thuộc vào hàng đồ đệ của các thánh thần nói trên.  Như vậy, xét về mặt tín ngưỡng, điện Hòn Chén bố cục thờ không theo nguyên tắc, mà phối thờ nhiều tín ngưỡng khác nhau.

- Từ năm 1883 -1885, vì gặp một giai đoạn éo le của lịch sử triều Nguyễn, vua Ðồng Khánh chờ đợi mãi vẫn chưa được lên nối ngôi cha nuôi là vua Tự Ðức. Ông nhờ mẹ là bà Kiên Thái Vương lên đền Ngọc Trản cầu đảo và hỏi Thánh Mẫu Thiên Y A Na xem mình có làm vua được không. Mẫu cho biết ông sẽ toại nguyện.

- Năm 1886, sau khi tức vị, vua Ðồng Khánh liền cho xây lại đền này một cách khang trang, làm thêm nhiều đồ tự khí để thờ, và đổi tên ngôi đền là Huệ Nam Ðiện để tỏ lòng biết ơn Thánh Mẫu. Huệ Nam nghĩa là ban ân huệ cho nước Nam, vua Nam. 

Trong một tờ thần sắc ban cho đền năm 1886, vua Ðồng Khánh đã ví toàn cảnh thiên nhiên của Điện Hòn Chén như hình thế một con sư tử đang nằm thò đầu xuống sông uống nước.

Khoảng 10 công trình kiến trúc xinh xắn của ngôi đền đều nằm ở lưng chừng sườn đông nam thoai thoải của ngọn núi, ẩn mình dưới bóng râm của một khóm rừng cổ thụ tán lá sum xuê. Những hệ thống bậc cấp chạy từ đền cao xuống tận bến nước trong xanh. Mặt sông phẳng lặng như gương, được dùng cho toàn cảnh thiên nhiên và kiến trúc nghiêng mình soi bóng. Dù thuyền cập bến, đứng nhìn lên, khách dễ tưởng mình đang lạc vào chốn thần tiên.

Mặt bằng kiến trúc của toàn bộ ngôi đền không rộng, gồm điện thờ chính là Minh Kính Ðài nằm ở giữa, mặt hướng ra sông; bên phải là Nhà Quan Cư, Trinh Cát Viện, Chùa Thánh; bên trái là Dinh Ngũ Vị Thánh Bà; bàn thờ Các Quan, động thờ ông Hạ Ban (tức ông Hổ - con cọp),Am Ngoại Cảnh. Dưới bờ sông, cuối đường bên trái là Am Thủy Phủ. Trên mặt bằng kiến trúc ấy, còn có một số bệ thờ và am nhỏ khác nằm rải rác đó đây, như Am Cô Ngọc Lan, Am Trung Thiên...

Minh Kính Đài được xây dựng năm 1886 dưới thời vua Ðồng Khánh với mặt bằng 15mx17m, nó được chia làm 3 cung (theo thứ tự từ cao xuống thấp và từ sau đến trước căn cứ vào chức năng thờ phụng).

Minh Kính Cao Ðài Ðệ Nhất Cung, còn gọi là Thượng Cung hay Thượng Ðiện, chia làm 2 tầng. Tầng trên thờ Thánh Mẫu Thiên Y A Na, Thánh mẫu Vân Hương, ảnh vua Ðồng Khánh và một số thần thánh cao cấp khác trong tôn giáo; tầng dưới dùng làm chỗ tiếp khách và nơi ở của người thủ từ...

Minh Kính Trung Ðài Ðệ Nhị Cung, còn gọi là Cung Hội Ðồng, giữa xây bệ thờ cao và lớn, cung này thờ hàng chục tượng thần thánh khác nhau, có cả tượng Phật nữa, và dùng làm nơi thiết trí các đồ thờ dùng để rước sắc trong những dịp lễ lớn: Võng Cung Nghinh Mẫu, Phụng Liễn, Long Ðình.

Minh Kính Tiểu Ðài Ðệ Tam Cung, còn gọi là Tiền Ðiện - nơi có xây một hương án lớn, hai bên đặt trống chuông, là chỗ cử hành tế lễ. Nơi đứng cúng lạy của khách hành hương còn được nới rộng thêm bằng một mái hiên và cái sân ở mặt trước tòa nhà.

Trên bờ nóc quyết của Minh Kính đài cũng như các công trình kiến trúc khác ở chung quanh, hình ảnh con phụng được dùng nhiều để trang trí, vì con phụng tượng trưng cho đàn bà, ở đây là các nữ thần. Nó cũng được dùng để trang trí rất nhiều trên các đồ tự khí.

Phần lớn các đồ thờ quý báu ở Minh Kính Ðài đều ghi rõ là làm ra dưới thời vua Ðồng Khánh. Nhìn chung thì thấy trang hoàng rất bề bộn, nhưng có nhiều thứ lạ mắt đối với người xem.

Điện Hòn Chén là ngôi điện duy nhất có một vị trí quan trọng trong đời sống tâm linh của người dân xứ Huế và đó cũng là ngôi điện duy nhất ở Huế có sự kết hợp giữa nghi thức cung đình và tín ngưỡng dân gian; giữa lễ hội và đồng bóng; giữa văn hóa tâm linh và mê tín dị đoan. Đây cũng là nơi trang trí mỹ thuật đạt đến đỉnh cao vào cuối thế kỷ 19. Điện còn là sự pha trộn của nhiều tín ngưỡng tôn giáo mang sắc thái đa dạng.

Điện Hòn Chén không chỉ là một di tích lịch sử và tôn giáo mà còn là một thắng cảnh, một điểm tham quan văn hóa độc đáo. Công trình kiến trúc tôn giáo ấy đã được người xưa lồng vào trong một cảnh thơ mộng hữu tình của núi sông xứ Huế, ngày nay luôn thu hút hàng ngàn khách tham quan, nhất là vào dịp lễ hội tháng 3 và tháng 7 Âm lịch hàng năm.