Từ năm 1307, công cuộc di dân chính thức của người Việt từ đồng bằng Thanh - Nghệ vào đất mới đã khởi đầu và ngày càng bổ sung thành phần cư dân Việt. Tại Thừa Thiên Huế việc di dân của người Việt diễn ra rải rác trong thuế kỷ XIV. Đến cuối thế kỷ XIV, nhà Trần đã lập tại vùng đất Hóa Châu 7 huyện mới: Trà kệ, Lợi Bồng, Sạ Lệnh, Tư Dung, Bồ Đài, Bồ Lãng và Thế Vinh với khoảng trên 40 làng, ấp, thôn, trại, sách.
Sau khi Chế Mân chết, công chúa Huyên Trân trở về Đại Việt, lấy cớ này các vua kế vị Chế Mân đem quân đánh châu Thuận và châu Hóa, các vua Trần đã phải nhiều lần cử quân đi đánh dẹp, đề ra nhiều đối sách như giao việc trấn giữ châu Hóa cho các trọng thần hay hoàng thân, năm 1372, vua Trần Nghệ Tông đã cất nhắc một viên quan người địa phương là Hồ Long làm Đại tri châu châu Hóa nhưng miền biên viễn này vẫn không yên ổn. Năm 1377, với sự kiện vua Trần Duệ Tông tử trận vì mắc mưu trá hàng của vua Chiêm Thành Chế Bồng Nga, quân Chiêm Thành đã chiếm châu Thuận, châu Hóa, châu Tân Bình và Nghệ An trong suốt 12 năm, cho đến khi Chế Bông Nga bị quân Đại Việt bắn chết, quân Chiêm Thành tan vỡ, rút quân khỏi vùng đất này.
Năm 1391, vua Trần Thuận Tông cử Lê Quý Ly đi tuần châu Hóa, xét định quân ngũ, sửa chữa thành trì, châu Hóa mới ổn định.
Tình hình biến động trên vùng đất Thừa Thiên Huế rải rác suốt thế kỷ XIV, đã làm nhịp độ di dân vào đây chững lại. Chiến tranh cũng đã làm cho những làng mạc mới thành lập xơ xác, tiêu điều. Những thế hệ đầu tiên khai canh lập làng ấp phần lớn bị phiêu tán và ruộng đồng hầu hết hoang hóa, phải đến thế kỷ sau mới phục hồi.