Bước 1: Hến rửa sạch, ngâm 3-4 lần trong nước muối loãng rồi rửa sạch.
Bước 2: Giá đỗ rửa sạch, để ráo rồi mang trụng sơ cho chín. Dọc mùng rửa sạch, tước bỏ vỏ rồi đem thái sợi. Rau răm, rau thơm rửa sạch rồi cũng thái sợi.
Bước 3: Nấu nước sôi, cho một chút muối và gừng (đập dập) vào rồi cho hến vào luộc sơ cho mở miệng, sau đó đãi hết vỏ.
Bước 4: Thịt hến được xào cùng hành phi thơm, đến khi hến săn lại và ráo nước, cho thêm chút ớt sa tế, muối, bột nêm, đường, tiêu, rau răm, đậu phộng rang, mè trắng vào, đảo đều khi hến thấm gia vị thì tắt bếp.
Bước 5: Làm nóng dầu ăn cùng chút màu điều trong chảo sâu lòng. Sau đó, thả đậu phộng nguyên vỏ vào chiên vàng cho chín rồi đổ ra bát nhỏ, để riêng.
Bước 6: Giữ lại nước luộc hến, lắng bỏ phần cặn để ăn kèm, tạo độ ngọt thơm đặc trưng của tô bún hến.
Bước 7: Ớt, tỏi giã nhuyễn, đem trộn vào với 3 muỗng cà phê mắm ruốc. Cho chút đường, ít nước luộc hến vào rồi trộn đều cho ruốc tan.
Bước 8: Chuẩn bị một tô lớn, cho các loại rau đã sơ chế gồm dọc mùng, rau thơm, giá đỗ, khế vào. Sau đó, cho thêm bún, hến, đậu phộng, tóp mỡ vào, trộn đều và thưởng thức. Nếu nhạt có thể nêm thêm chút nước mắm hoặc ruốc Huế cho vừa miệng. Có thể ăn khô hoặc chan thêm nước hến tùy ý.